1988～2005年，县人民政府历经4届，县长、副县长由县人民代表大会选举产生。县长、副县长组成县长办公会议，同时设县人民政府常务会议和县人民政府扩大会议，讨论、决定与实施政务。
1988年，县人民政府有组成单位37个：县人民政府办公室、计划委员会、物价局、经济体制改革委员会、经济委员会、档案局、粮食局、外经外贸委员会、财贸委员会、商业局、工商行政管理局、教育委员会、科技委员会、公安局、司法局、监察局、民政局、财政局、人事局、劳动局、国土管理局、交通局、城乡建设委员会、农业局、农业委员会（农村工作办）、乡镇企业委员会、林业局、水利水电局、文化局、卫生局、计划生育委员会、审计局、统计局、体育运动委员会、税务局、广播电视局、环境保护局。县人民政府直属事业单位5个：农机管理局、标准计量局、供销合作总社、物资局、轻工局。归口县人民政府办公室管理的单位7个：外事侨务办、民族宗教办、蔬菜办、矿产资源办、县志办、老龄办、人防办。郴州地区职能部门与县人民政府双重管理的机构10个：气象局、邮电局、公路局、医药管理局、烟草专卖局、石油公司、人民保险公司、农业银行、工商银行、建设银行。
1995年6月，实行机构改革，调整政府工作机构，经济体制改革委员会不再保留，其职能由县政府办公室内设机构经济研究室承担；标准计量局更名为质量技术监督局，由政府直属事业单位改为县政府组成单位；档案局、体育运动委员会、广播电视局由政府组成单位改为直属事业单位；商业局、县供销合作总社分别由政府组成单位、直属事业单位转为经济实体，不再履行行政机构职能；计划委员会与物价局合并为计划物价局；县法制办并入政府办，对外挂“行政复议办”牌子；外经外易委员会更名为对外经济贸易局,与财贸办合署办公；县志办与党史办合并，更称史志办，归口县委办管理。
2002年，县再次实行机构改革，撤消财贸办和工交办，组建经济贸易局，不再保留乡镇企业局机构，其职能由经济贸易局承担，对外挂乡镇企业局牌子；农村工作办更名为农村工作领导小组办公室，改由中共临武县委管理；县工商行政管理局、地税局、质量技术监督局由县政府组成单位改为市职能部门与县政府双重管理单位；县环境保护局由县政府组成单位改为县政府办管理单位；县粮食局由政府组成单位改为事业单位，由经贸局管理。
2005年，增设商务局、安全生产监督局。县政府组成单位共25个：人民政府办公室、发展和改革局、经济局、商务局、教育局、科技局、公安局、司法局、民政局、财政局、人事局、劳动和社会保障局、国土资源局、建设局、交通局、农业局、林业局、水务局、文化局、卫生局、人口和计划生育委员会、审计局、监察局、统计局、安全生产监督管理局。县政府直属事业机构6个：粮食局、广播电视局、档案局、体育局、城镇管理局、房产管理局。县政府办管理单位8个：法制办、蔬菜局、环境保护局、农业综合开发办、烟草办、信访局、民族宗教事务局、旅游外事侨务局。市职能部门与县政府双重管理单位20个：工商行政管理局、国税局、地税局、质量技术监督局、气象局、邮政局、医药管理局、烟草专卖局、石油公司、公路局、人寿保险公司、人民财产保险公司、人民银行、农业银行、建设银行、工商银行、信用合作联社、郴州电信集团实业公司临武分公司、湖南移动通信公司郴州分公司临武营业部、中国联通公司临武营业部。